כחלק מהסכמי אברהם הוסדרו היחסים גם עם סודאן, כתב 'וואלה' ברק רביד פרסם הבוקר (חמישי) בסדרת ציוצים ארוכה, כי היחסים בין ישראל לסודאן עלו על סרטון בעקבות המגעים של מתנגדי השלטון של ממשלת סודאן.

על פי דיווחו של דרוקר, בשבוע שעבר נחת בחרטום מטוס פרטי בטיסה ישירה מישראל. אתרי מעקב אחרי מטוסים הראו שמדובר במטוס בו עשה שימוש כמה פעמים ראש המוסד לשעבר יוסי כהן. מקורות זרים שמעורים בנושא ציינו שעל המטוס היו בכירים במוסד שהגיעו לפגישות עם אנשיו של הגנרל מוחמד חמדאן דגאלו, הידוע בכינוי "חמיתי", תפקידו הרשמי של "חמיתי" הוא סגן מועצת השלטון הזמנית וסגנו של הנשיא הגנרל בורהאן, אך למעשה הוא עומד בראש המיליציה הגדולה ביותר בסודאן שנקראת "כוחות ההתערבות המהירה". המיליציה של "חמיתי" נחשבת לאחראית לפשעי מלחמה חמורים בחבל דארפור וכן למעשי טבח במהלך ההפיכה בסודאן ב-2019.

"חמיתי" שולט על משאבים רבים בסודאן ונחשב לאחד האנשים העשירים במדינה. המיליציה של "חמיתי" פועלת באופן עצמאי ואינה כפופה לצבא סודאן או לממשלה, ומאז תחילת תהליך הנורמליזציה בין סודאן לבין ישראל ניסה "חמיתי" ליצור ערוצי קשר עצמאיים מול ישראל, כדי לקדם את סדר היום הפרטי שלו בסודאן. הוא עשה זאת תוך שהוא עוקף את הנשיא הגנרל בורהאן ואת ראש הממשלה האזרחית חמדוכ.

לפי פרסומים בתקשורת הערבית "חמיתי" נפגש כבר באוגוסט 2020 עם בכירים במוסד. מקורות בסודאן מציינים כי מאז נמשך הקשר בין "חמיתי" לבין המוסד, למורת רוחו של הגנרל בורהאן, שהתלונן על כך כמה פעמים בפני ישראל במהלך כהונתו של בנימין נתניהו כראש הממשלה.

מקורות שמעורים בנושא ציינו שהפלג הצבאי והפלג האזרחי בממשלת סודאן לא ידעו על הגעת אנשי המוסד בשבוע שעבר ועל פגישותיהם עם "חמיתי" ואנשיו וגילו על כך רק בדיעבד. הביקור עורר תרעומת רבה בממשלת סודאן ותחושה שהמגעים של ישראל עם "חמיתי" הם נסיון לחתור תחת הממשלה ולצדד במפקד המיליציה

הכעס בסודאן לגבי קשרי ישראל עם "חמיתי" נובע מכך שבשבועות האחרונים מתרחש עימות פוליטי פנימי בין "חמיתי" לבין צבא סודאן והממשלה האזרחית. "חמיתי" מסרב תקופה ארוכה ליישם את הסכמי השלום הפנימיים במדינה שקבעו כי עליו לפרק את המיליציה שלו ולשלב את אנשיה ואת הנשק שבידיה בצבא סודאן. וביום שלישי התייחס ראש ממשלת סודאן עבדאללה חמדוכ לעימות הפנימי. ברמיזה למגעיו של "חמיתי" עם ישראל הוא אמר כי יש גורמים בסודאן שמנהלים מדיניות חוץ עצמאית מאחורי גבה של הממשלה. הוא גם הזהיר מפני מלחמת אזרחים חדשה אם המתיחות בין הצבא לכוחותיו של "חמיתי" תגיע לידי פיצוץ

בכירים בממשלת סודאן פנו לפני כמה שבועות לממלא מקום שגריר ארה"ב בחרטום והביעו מורת רוח מכך שישראל מקיימת מגעים עם הממשלה האזרחית ולא רק עם הצבא. הסודאנים ביקשו שממשל ביידן יעביר מסר בנושא לישראל, ובכירים ישראלים אמרו כי בעקבות התלונה הסודאנית ביקש ממשל ביידן מישראל להתחיל במגעים עם הפלג האזרחי של הממשלה בסודאן כחלק מתהליך הנורמליזציה בין המדינות, ולא להסתפק בקשרים רק עם הפלג הצבאי של הממשלה.

מאז הפסגה בין ראש הממשלה לשעבר נתניהו לראש מועצת הריבונות של סודאן הגנרל בורהאן לפני שנה וחצי היו כמעט כל המגעים של ישראל מול הפלג הצבאי בממשלה הסודאנית. כאשר בורהאן החל לדחוף את תהליך הנורמליזציה עם ישראל היו לחלק גדול מחברי הפלג האזרחי בממשלה הסתייגויות רבות לגבי המהלך. הממשל האמריקני סבור כי הגברת הקשרים בין ישראל לבין הממשלה האזרחית בסודאן תחזק את תהליך הנורמליזציה בין המדינות. "האמריקנים לא דרשו מאיתנו להפסיק לעבוד עם הפלג הצבאי של הממשלה אבל ביקשו שנתחיל לעבוד גם עם הפלג האזרחי", אמר בכיר ישראלי. במשרד החוץ האמריקני סירבו להגיב לדברים.

עד כה ישראל וסודאן לא חתמו על הסכם רשמי לכינון יחסים דיפלומטיים. ישראל גיבשה טיוטת הסכם והעבירה אותו לסודאן כבר לפני כמה חודשים אך הסודאנים לא הגיבו. הסודאנים מעוניינים שממשל ביידן יאמץ את תהליך הנורמליזציה בין המדינות וייתן את חסותו לחתימה על ההסכם בין המדינות.